১৫৭৬ সালে রাজমহলের যুদ্ধে বাংলার শেষ আফগান শাসক দাউদ কররানী পরাজিত হলে বাংলায় মুঘল শাসন শুরু হয়। এ সময় মুঘল শাসক ছিলেন সম্রাট আকবর। সুবাদারি ও নবাবি এ দুই পর্বে বাংলায় মুঘল শাসন অতিবাহিত হয়। বারোভূঁইয়াদের দমনের পর সমগ্র বাংলায় সুবেদারী প্রতিষ্ঠিত হয়। এ সময় সমগ্র বঙ্গ দেশ সুবহ-ই-বাঙ্গালাহ নামে পরিচিত হয়। মুঘল প্রদেশগুলো সুবা নামে পরিচিত ছিল। প্রাদেশিক শাসনকর্তাকে বলা হতো সুবাদার।

মানসিংহ সম্রাট বরের সেনাপতি ছিলেন। তিনি বাংলা দখল নেওয়ার প্রচেষ্ঠা চালান এবং বারো ভূঁইয়াদের দমন করতে ব্যর্থ হন।

১৬০৮ সালে ইসলাম খানকে সুবেদার হিসেবে নিয়োগ দেয় সম্রাট জাহাঙ্গীর। তিনি বারো ভূঁইয়াদের দমন করে সমগ্র বাংলায় সুবাদারি শাসন প্রতিষ্ঠা করেন। তিনি ১৬১০ সালে বিহারের রাজমহল থেকে রাজধানী ঢাকায় নিয়ে আসেন। সুবেদার ইসলাম খান ঢাকার নামকরণ করেন জাহাঙ্গীরনগর। ইসলাম খান ঢাকার 'ধোলাই খাল খনন করেন। তিনি বাংলার নৌকা বাইচ উৎসবের সূচনা করেন।

শায়েস্তা খান বাংলার সুবাদার নিযুক্ত হন ১৬৬৪ খ্রিস্টাব্দে। আওরঙ্গজেবের মামা ছিলেন শায়েস্তা খান। চট্টগ্রাম অধিকার করে আরাকানি মগ জলদস্যুদের উৎখাত করেন। আরাকানি জলদস্যুদের হটিয়ে তিনি চট্টগ্রামের নাম রাখেন ইসলামাবাদ। শায়েস্তা খান বাংলা থেকে ইংরেজদের বিতাড়িত করেন। টাকায় আট মণ চাল পাওয়া যেত শায়েস্তা খানের আমলে। তাঁর আমলের স্থাপত্যশিল্প ছোট কাটরা, লালবাগ কেল্লা, চক মসজিদ, সাত গম্বুজ মসজিদ, পরি বিবির মাজার (শায়েস্তা খানের মেয়ে), হোসেনী দালান, বুড়িগঙ্গার মসজিদ, প্রভৃতি।

কাশিম খান জুয়ানি সম্রাট শাহজাহান কর্তৃক নিয়োগকৃত প্রথম সুবেদার। পর্তুগিজদের অত্যাচারের মাত্রা চরমে পৌঁছলে সম্রাট শাহজাহানের আদেশে কাসিম খান তাদেরকে শক্ত হাতে দমন করেন।

সম্রাট শাহজাহানের ২য় পুত্র শাহ সুজা ২০ বছর বাংলায় সুবাদারি করেন। তিনি ইংরেজদের বিনা শুল্কে বানিজ্য করার সুযোগ নেন। শাহজাদা সুজা ঢাকার চক বাজারে 'বড় কাটরা মসজিদ নির্মাণ করেন। সুজা তার ভ্রাতা আওরঙ্গজেবের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ করেন।

আওরঙ্গজেবের সেনাপতি মীর জুমলা সুজাকে দমনের জন্য বাংলার রাজধানী জাহাঙ্গীরনগর পর্যন্ত এসেছিলেন। সম্রাট আওরঙ্গজেব তাঁকে বাংলার সুবাদারের দায়িত্ব নেন। তিনি ঢাকা গেট (পূর্ব নাম মীর জুমলা) নির্মাণ করেন। কৃষকদের নিকট থেকে প্রথম কর আদায় করেন।

পরিবিবি ছিলেন শায়েস্তা খানের কন্যা। পরিবিবির আসল নাম ইরান দুখত রহমত বানু। লালবাগ দুর্গের মাঝখানে বর্গাকার ভবনটিতে তার কবর।